Зе Педро, родившийся 6 июня 1997 года в Гимарайнше, Португалия, начал свою футбольную карьеру в местном клубе Витория де Гимарайнш в возрасте девяти лет. Продолжил развитие в молодежной команде Визелы. Свои первые шесть сезонов на взрослом уровне он провел в третьем дивизионе Португалии, выступая за такие клубы, как Визела, Торкатенсе, Фафе, Брага B и Эстрела да Амадора. В сезоне 2020-21 он помог Эстреле выйти в Лигу Португалии 2, сыграв 28 матчей и забив пять голов. В июле 2021 года Зе Педро подписал трехлетний контракт с Порту за €250 000 и 80% спортивных прав, был направлен в резервную команду второго дивизиона. Свой профессиональный дебют он совершил 7 августа 2021 года в матче против Трофенсе, завершившемся со счетом 2:2, а свой первый гол в лиге забил в следующем месяце, помогая команде одержать победу над Мафрой со счетом 3:1. В декабре 2021 года он дебютировал за первую команду в матче против Риу Аве в Лиге Португалии, а в сентябре 2023 года продлил контракт до 2026 года. Свой первый гол в высшем дивизионе он забил 9 декабря 2023 года в матче против Каса Пиа, завершившемся победой со счетом 3:1.